Kada se prođe kroz ulaz, uskim prolazom se stiže do prve prostorije. Tu je pronađeno ‘proročište’. Proročište je poluloptasti rupa u zidu, postavljena niže od usta čovjeka prosječne visine. Otprilike je 60 cm u promjeru, tako da čovjek može govoriti kroz tu rupu. U stražnji dio pećine je uklesana iskrivljena linija ukrasa koja je služila kao rezonator. Glas onoga tko govori kroz rupu je pojačan i gromoglasno odjekuje kroz preostale odaje pećine, stvarajući efekt koji je sasvim sigurno utjerivao strah u kosti primitivnim ljudima i navodio ih da da prinose svoje saplemenike na žrtvu biću koje govori ‘glasom Boga’.
Kroz uzani prolaz stiže se na donji nivo iu još jednu odaju. U centru ove prostorije nalazi se kružni kameni oltar sa utorima, o čijoj se ulozi samo može nagađati. U zidove prostorije uklesane su brojne niše, au njima strukture nalik krevetima na kat, sa šupljinama za glave, tijela i stopala bića koja su bila visoka najviše oko 1,20 ma mnoga su, očito, bila i niža.Ispod ove prostorije je mali, tijesni prolaz koji završava još jednom velikom podzemnom odajom, odakle se kroz procjepe u stijeni ulazi u ulazi u druge manje pećine koje okružuju tu prostoriju. Jedan otvor je, međutim, prozor koji gleda u drugu pećinu, a prekriven je velikom kamenom pločom. Prozor gleda na dolje u ono što je, bez ikakve sumnje, morao biti zatvor. Kako su bića visoka jedva 1,20 m mogla pomiču tu ogromnu kamenu ploču, još uvijek je misterij.
Otvor na zidu nasuprot ulazu u ovu pećinu, vodi u tijesan, vijugav prolaz – to je ulaz u prave, prirodne pećine. Prolaz se završava stazom koja se proteže duž ivica ogromne pukotine u tlu, stazom uklesanom duž zastrašujućeg ponora koja vodi još niže, do dugačkog niza podzemnih tunela i pećina, kojima se može putovati čitavom dužinom otoka, pa čak i dalje. Po legendi, ovi pothodnici bili su u davna vremena povezani sa podzemnim kriptama koje čine današnje rimske katakombe. Postoji mogućnost da je ova legenda istinita – treba se prisjetiti da je Mediteransko more stvoreno tek poslije razdoblje neolita, tako što je došlo do kataklizmičnih tektonskih premještanja zemljine kore. Ako su drevni tuneli i postojali i povezivali sva ta mjesta, sasvim je moguće da su se urušili nakon strašnog potresa koji je protresao planetu, a sjećanje na njih je do nas stiglo u obliku legendi i narodnih priča.
Tuneli ispod Hipogeuma su zapečaćeni još otkako je jedan učitelj osnovne škole poveo u pećine 30 svojih učenika. Nestali su svi, učitelj, učenici i vodič. Vlasti su tvrdile da su se vjerojatno na njih obrušili zidovi. Spasilačke ekipe nisu pronašle nikakav trag nestalih. Pričalo se da su se na različitim dijelovima otoka tjednima čuli odjeci vriske i dozivanje izgubljene djece, ali nitko nije uspio locirati izvor zvuka. A ako su se zidovi zaista obrušili, kako to da nitko nije uspio pronaći urušavanje i spase preživjele? Misterija je i kako su djeca uspjela preživjeti tjednima, koliko su se njihova dozivanja i krici čuli? U svakom slučaju, poslije tog nemilog događaja, svi ulazi u podzemlje Malte su zapečaćeni i nikome više nije dozovoljeno da istražuje.